# Gaussian quick usage guide ###### tags: `software` `usage guide` * 2024/04/22開始台灣杉三號作業系統更換作業，至2024/04/27轉換完成。請參見公告 [台灣杉三號新作業系統Rocky Linux 8即日起上線服務，新舊系統重要轉換時程請用戶特別注意](https://iservice.nchc.org.tw/nchc_service/nchc_service_news_content.php?contentId=974112&type=all_content&newsId=55314) * 轉換期間，請先確定自己所在登入節點為何，是新的作業系統 Rocky Linux 8，還是舊的 Centos Linux 7。 舊的 > 08:42:19 p00acy00@lgn301:~$ uname -r > 3.10.0-1127.el7.x86_64 新的 > 08:47:21 p00acy00@lgn303:~$ uname -r > 4.18.0-425.3.1.el8.x86_64 * 2023/5/3 目前轉換工作已完成，`trans`已完成階段任務，請不要繼續使用，目前已重新開放`ctest、ct56、ct224、ct560、ct2k、ct8k`等partitions。 * ~~轉換期間請將工作派送至`trans`partition，原先`ctest、ct56、ct224、ct560、ct2k、ct8`停止接收新計算工作。 * 新的module system為了使查詢畫面簡潔，實施階層式分類，使用上習慣 從 > module load gaussian/g16 改為 > module load gaussian g16 * Gaussian本體採static link方式編譯，執行檔具有一定程度可攜性，但因為無法進行全面性測試，難免會有不相容情形，我們會陸續重新編譯程式。 * 工作腳本檔已同步更新為符合新作業系統 `/opt/ohpc/Taiwania3/pkg/gaussian/g16/example_g16_parallel.sh` ```bash #!/bin/bash # Example Job script to run a shared memory Gaussian 16 job on TAIWANIA3 #SBATCH --job-name trifluorobenzene #SBATCH --output %x-%j.out #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --cpus-per-task=28 #SBATCH --partition ctest #SBATCH --no-requeue #SBATCH --account XXXXXXX module purge module load gaussian g16 module load nbo nbo7-g16 ulimit -s unlimited export GAUSS_PDEF=${SLURM_CPUS_PER_TASK} export GAUSS_SCRDIR=/scratch/${USER} srun --ntasks-per-node=1 mkdir -p ${GAUSS_SCRDIR} ### MODIFY THIS BLOCK FOR YOUR INPUT FILENAME ### INPUT SECTION BLOCK BEGIN ### INPUTFILE=trifluorobenzene.inp ### INPUT SECTION BLOCK END ### ### JOB SCRIPT START ### echo "====== Job Started on $SLURM_NODELIST at `date` ======" time g16 < $INPUTFILE > ${INPUTFILE%.*}.log echo "====== Job Ended at $(date) ======" ``` `/opt/ohpc/Taiwania3/pkg/gaussian/g09/example_g09_parallel.sh` ```bash #!/bin/bash # Example Job script to run a shared memory Gaussian 09 job on TAIWANIA3 #SBATCH --job-name trifluorobenzene #SBATCH --output %x-%j.out #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --cpus-per-task=28 #SBATCH --partition ctest #SBATCH --no-requeue #SBATCH --account XXXXXXX module purge module load gaussian g09 module load nbo nbo6-g09 ulimit -s unlimited export GAUSS_PDEF=${SLURM_CPUS_PER_TASK} export GAUSS_SCRDIR=/scratch/${USER} srun --ntasks-per-node=1 mkdir -p ${GAUSS_SCRDIR} ### MODIFY THIS BLOCK FOR YOUR INPUT FILENAME ### INPUT SECTION BLOCK BEGIN ### INPUTFILE=trifluorobenzene.inp ### INPUT SECTION BLOCK END ### ### JOB SCRIPT START ### echo "====== Job Started on $SLURM_NODELIST at `date` ======" time g09 < $INPUTFILE > ${INPUTFILE%.*}.log echo "====== Job Ended at $(date) ======" ```