###### tags: `software` `usage guide` # orca quick usage guide * 2024/04/22開始台灣杉三號作業系統更換作業，至2024/04/27轉換完成。請參見公告 [台灣杉三號新作業系統Rocky Linux 8即日起上線服務，新舊系統重要轉換時程請用戶特別注意](https://iservice.nchc.org.tw/nchc_service/nchc_service_news_content.php?contentId=974112&type=all_content&newsId=55314) * 轉換期間，請先確定自己所在登入節點為何，是新的作業系統 Rocky Linux 8，還是舊的 Centos Linux 7。 * 2023/5/3 目前轉換工作已完成，`trans`已完成階段任務，請不要繼續使用，目前已重新開放`ctest、ct56、ct224、ct560、ct2k、ct8k`等partitions。 ~~* 轉換期間請將工作派送至`trans`partition，原先`ctest、ct56、ct224、ct560、ct2k、ct8`停止接收新計算工作。 ~~ * 新的module system為了使查詢畫面簡潔，實施階層式分類，未來新的模組，使用上的習慣 從 ``` module load orca/5.0.4 ``` 改為 ``` module load orca module load 5.0.4 ``` * 在轉換階段，若要順利銜接，可以先採用下列方法，先載入`old-module`，就可以沿用舊的modulefile。 ``` module load old-module module load orca/5.0.4 ``` * orca程式採static link binary方式釋出，執行檔具有一定程度可攜性，但因為無法進行全面性測試，難免會有不相容情形，我們會陸續重新編譯程式。 * 工作腳本檔已同步更新為符合新作業系統 `/opt/ohpc/Taiwania3/pkg/orca/sample-queue-504.sh` ``` #!/bin/bash ## Batch Job Paremeters #SBATCH -p PARTITION #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=14 # tasks to run per node, Round Robin #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --account=XXXXXXXXX #SBATCH -o %j.out #SBATCH -e %j.err module purge module load old-module module load orca/5.0.4 export NBOEXE="/opt/ohpc/Taiwania3/pkg/nbo/nbo7-ifort-i4/bin/nbo7.i4.exe" export GENEXE="/opt/ohpc/Taiwania3/pkg/nbo/nbo7-ifort-i4/bin/gennbo.i4.exe" JOB="c4h2.inp" JOB=${JOB/\.inp/} HERE=$SLURM_SUBMIT_DIR cd $SLURM_SUBMIT_DIR # JOBID=$SLURM_JOBID export ORCA_SCRATCH_DIR=/scratch/$USER/orca.$SLURM_JOBID if [ ! -d $ORCA_SCRATCH_DIR ] then mkdir -p $ORCA_SCRATCH_DIR fi #cat \$LSB_DJOB_HOSTFILE | uniq | sed -e s/\\\$/:$NPROC/ > ./hostlist.$JOBID echo "The ORCA job begins at:' `date`" cd $ORCA_SCRATCH_DIR ln -s ${HERE}/$JOB.inp $ORCA_SCRATCH_DIR/$JOB.inp ### Add the following parameters if the queue script cannot work # "-x UCX_NET_DEVICES=mlx5_0:1 -x HCOLL_MAIN_IB=mlx5_0:1 --mca orte_base_help_aggregate 0 -wdir $ORCA_SCRATCH_DIR " orca $JOB.inp > ${HERE}/$JOB.out wait echo "Your ORCA job completed at `date` " echo "Find your scratch files under $ORCA_SCRATCH_DIR" cd $SLURM_SUBMIT_DIR ```