[TOC] <!---delete---> # (ASUS.VER)Application – Jupyter Lab ## 登入Open OnDemand 在您習慣的流覽器上輸入 https://f1-stn01.nchc.org.tw/ or https://f1-stn02.nchc.org.tw/ 連結，你將看到以下登入畫面，請輸入您在F1的主機帳號與密碼進行登入。 ++若忘記主機帳號可至[iService中查詢主機帳號](https://man.twcc.ai/@f1-manual/iService)++  提醒: 為了安全登入網頁有時效性，如果你閒置過久未登入，或是已完成用戶登入又重新嘗試登入，系統可能會出現Bad Request 的錯誤訊息(如下圖)，如果你遇到此訊息請重新輸入 https://f1-stn01.nchc.org.tw/ or https://f1-stn02.nchc.org.tw/ 連結，或詢求管理員協助。 ## 1. 開啟Jupyter Notebook/JupyterLab App :::success (1) 你可以從首頁的 Jupyter/JupyterLab App圖示開啟Jupyter/JupyterLab App。  (2) 另外，你也可以透過Interactive Apps 的選單選擇開啟。  (3) 開啟後你可以看到以下表格需要填寫。 a.直接啟用Jupyter Notebook/JupyterLab App  b.使用自定義的 Miniconda Environment，來啟用Jupyter Notebook/JupyterLab App <font color="#f00">勾選check box，遵照我們的設定方式創建你的虛擬環境(此網頁下滑至 ++4.使用自定 Miniconda Environment++) </font>  | 欄位名稱 | 說明 | |-|-| | Project ID | 系統將自動帶出你已經加入的計畫列表，你可以選擇有足夠錢包的計畫。 | | Jupyter interface | 選擇要開啟Jupyter notebook 或是Jupyter Lab。 | | CPU cores | 設定CPU 核心數量或thread。 | | Memory (GB) | 設定Job的記憶體（以 GB 為單位）。 你設定的記憶體可供Job的所有cpu cores使用。<font color="#f00">一個core可以開到4GB ex. 2cores可以到8GB</font> | | Number of Hours | 設定Job 的執行時間，時間到了會自動結束 <font color="#f00"> (上限為兩小時) </font> | | Check box if using custom miniconda Environment | 設定是否使用自定的miniconda Environment，如果你要使用自定environment請在此打勾，並在下面Environment 欄位填上自定的Environment名稱。 | | Environment | 設定自定的Environment名稱。 <font color="#f00"> 請注意：如果你要用自己的Environment，請確認在你的miniconda environment有安裝notebook 或 jupyter lab，否則無法正確被啟動。 </font> | :::danger <font color="#f00">++CPU cores++，++Memory++建議開大一些，F1會較快給予資源</font> ::: ## 2. 啟動 Jupyter :::success (1) 表格都填好後，你可以點選「Lunch」 按鈕來執行Jupyter ，出現以下對話視窗表示Job 成功執行。 - Host 欄位顯示被分配到的主機名稱，點選Session ID 可以打開設定檔與log 的所在目錄。  (2) 點選「Connect to Jupyter」按扭，開啟Jupyter Nobebook/Lab。 a.Jupyter Nobebook畫面。  b. Jupyter Lab畫面。  ::: ## 3. 刪除 Interactive Session (1) 結束Interactive Session 可以在Jupyter Notebook/Lab App選shutdown來結束。 (2) Jupyter Notebook。  (3) 點選File > Shut Down 來結束，這將會關掉Notebook 視窗及刪除跑在Computer node 上的Job。 (4) Jupyter Lab。  (5) 點選File > Shut Down 來結束，這將會關掉Jupyter lab 視窗及刪除跑在Computer node 上的Job。 (6) 除此之外，也可以到My Interactive sessions，在正在跑的Interactive session視窗按Delete 按鈕關掉Interactive Session。   (7) 確認視窗將會顯示出來，請按 Confirm 刪除。 ## 4. 使用自定的 Miniconda Environment，來啟用Jupyter Notebook / Jupyter Lab ### 建立自訂的Miniconda Enviroment 使用者建立自己定義的Miniconda環境，來安裝Python package。 <!--- <font color="#f00">若使用anaconda者</font> ood是無法安裝額外的套建，開起來以再計算節點，是無法ssh的 有額外的安裝環境，要再登入節點先建好虛擬環境 ---> (1) 建立Miniconda Environment A、 登入Login Node。 B、 安裝 miniconda3, 請參考以下為安裝步驟。 ``` $ mkdir -p ~/miniconda3 $ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh $ bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3 $ rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh $ ~/miniconda3/bin/conda init bash $ ~/miniconda3/bin/conda init zsh ``` C、 執行完 conda init 後，請重新登入login node。 D、 執行 conda create -n test_python jupyter jupyterlab, 建立一個名稱為test_python的虛擬環境，並且在這個虛擬環境安裝jupyter notebook與jupyter lab，建立完成後執行 conda env list 確認是否有/home/<username>/miniconda3/envs/test_python。 E、 執行 conda activate test_python 切換到test_python 虛擬環境。 F、 執行 ipython kernel install --user --name= “jupyter\_test\_python” 加test_python 虛擬環境到jupyter。 G、 執行 jupyter kernelspec list 確認是否有jupyter\_test\_python。 H、 到這裡已經將你的虛擬環境加到jupyter, 你可以繼續安裝你需要的package。 (2) 啟動Juypter Notebook/Lab 並使用自己定義的Miniconda環境。 A、 在OOD 開啟JupyterApp。 B、 在Check box if using custom miniconda environment 打勾。 C、 在 Environment 填上 test_python。  D、 其他欄位選填後，按 Lunch 啟動Job。 E、 在Job 成功被執行後按 Connect to Jupyter。 F、 如果是啟動Jupyter Notebook，建立新的notebook 請到File > Notebook。  G、 接著會跳出Select Kernel 視窗，在此選擇 jupyter\_test\_python 建立新的nobebook。  H、 如果要更改已存在的notebook kernel，請到 Kernel ->Change Kernel。 <font color="#f00">如果有install新的package，要選擇restart kernal</font>  I、 如果你是在JupyterLab ，新建notebook請在 Launcher 視窗選擇juypter\_test\_python。  J、 更改已存在的notebook 的kernel, 請點選 Kernel > Change Kernel ... 去更換。 ### ps.若環境中已有 Anaconda， 請把指定的目錄新增至 envs_dirs 配置中 在create虛擬環境之後，就可以找到路徑了 ``` [uxxx@ilgn01 ~]$conda config --append envs_dirs /home/u5846412/miniconda3/envs [uxxx@ilgn01 ~]$ conda create --prefix /home/u5846412/miniconda3/envs/test_0611_5 jupyter jupyterlab [uxxx@ilgn01 ~]$ conda env list [uxxx@ilgn01 ~]$ conda activate test_0611_5 [uxxx@ilgn01 ~]$ ipython kernel install --user --name=test_0611_5 [uxxx@ilgn01 ~]$ jupyter kernelspec list ````